imageJ pour les débutants / for dummies

ImageJ est un logiciel de traitement d’image c’est-à-dire en fait pour un biologiste ou un médecin, d’analyse d’image pour faire ressortir la donnée biologique/médicale recherchée.

Le J indique que le programme a été écrit en un langage « Java » qui en fait un logiciel utilisable sur différents systèmes d’exploitation (mac, pc Windows…). C’est un logiciel multiplateformes, en raison de son fonctionnement sur une machine virtuelle Java.

ImageJ est un logiciel libre : le code source est en accès libres et peut être modifié.  Ses fonctions sont extensibles ; de nombreux plug-ins existent, qui abordent des domaines jusque là réservés aux logiciels commerciaux comme Aphelion : manipulation et visualisation d’images tridimensionelles, filtrages médians et morphologiques 3D, contours actifs (snakes), filtres diffusifs… Par ailleurs, il est possible de combiner les fonctions natives ou ajoutées en créant des macros – la maîtrise de Java n’est pas alors nécessaire.

La foisonnante diversité des plug-ins disponibles – plus d’une centaine – en fait son avantage principal, mais peut dérouter les néophytes : il est parfois difficile de trouver rapidement une fonction correspondant à un besoin précis ou on en trouve une dizaine pour un problème donné!

ImageJ peut être téléchargé gratuitement sur le site du NCBI.

http://rsb.info.nih.gov/ij/

les plugins: http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html

Il se présente sous la forme d’une barre de menus flottante qui ouvre des fenêtres de données, elles aussi flottantes.

Barre des menus flottante de ImageJ

Barre des menus flottante de ImageJ

La plupart des opérations courantes de traitement d’images sont réalisables avec ImageJ : visualisation et ajustement de l’histogramme des niveaux de gris, débruitage, correction d’éclairage, détection de contours, seuillage, opérations entre images…

Des traitements issus de la morphologie mathématique sont aussi disponibles : érosion/dilatation, ligne de partage des eaux, squelettisation… En analyse d’images, ImageJ permet de dénombrer des particules, d’évaluer leurs ratios d’aspect, de mesurer diverses grandeurs (distances, surfaces), d’extraire des coordonnées de contours… L’ajout personnalisé de fonctions est possible grâce aux plugins  à écrire en java.

1 Response to “imageJ pour les débutants / for dummies”


  1. 1 slimane ouhab 10 avril 2011 à 9:08

    je vous un guide pour aidée pour ma projet pf concernant les calcule de structure tell-que(la taille des grain,fraction surfacique,nb de coniction,…)d’un structure métallographique


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