Archive pour février 2009

comparaison de logiciels sur mac les + utiles

http://www.fandemac.fr/telechargements.php

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Nom du logiciel Compatibilité Description Liens Note des membres
Fenêtres Volantes Mac L’économiseur d’écran Fenêtres Volantes anime les fenêtres ouvertes sur votre Finder en les faisant voler en apesanteur. Cet économiseur nécessite une grosse configuration : Mac OS X 10.4.6 Tiger au minimum – G4, G5, Intel. Téléchargement
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LotsaWater Mac Lotsawater est un économiseur d’écran qui transforme votre écran en flaque d’eau sur laquelle tombent des gouttes. Téléchargement
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Nom du logiciel Compatibilité Description Liens Note

Internet
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Safari Mac – Windows Logiciel Apple qui offre rapidité, fiabilité, performance ! Très bon logiciel. Peut bloquer les pop-ups. Au minimum : Mac OS X v10.4.9. Windows XP ou Vista Téléchargement
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Opera Mac – Windows – Linux Logiciel sympathique qui offre une interface et certaines fonctions originales, comme par exemple le support du protocole Bittorrent. Bon navigateur. Téléchargement
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Flock Mac Un bon logiciel qui offre le support du site flirck (hébergement de photos). On peut facilement mettre ses sites en favoris grâce à un système assez unique ! Belle inerface mais petit inconvénient : navigateur en anglais. Téléchargement
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MSN Messenger Mac MSN Messenger en version 6.0.3 n’apporte pas beaucoup de nouveautés par rapport à la version 5. On peut changer sa photo perso, avoir deux pseudos, transfert de fichier… Conclusion : Un bon logiciel malgré le manque de nouveauté. Téléchargement
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QuickTime Broadcaster Mac OS X QuickTime Broadcaster vous permet de diffuser en ligne votre webcam sur votre site web ! Mac OS X minimum Téléchargement
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CyberDuck Mac OS X Logiciel FTP très bien. Possibilité de faire des « signets » pour éviter de retaper le nom d’utilisateur, le mot de passe, etc. Pour envoyer des fichiers vers son site, un simple glisser-déposer suffit. Téléchargement
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aMSN Mac – Windows – Linux aMSN supporte la webcam que ce soit Mac/Mac ou Mac/PC, les messages vocaux, les plugins, la personnalisation et pleins de nouveautés. Configuration : minimum Mac version 10.3.9 (Panther). Téléchargement direct Mac Téléchargement
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Adium Mac OS 10.2 minimum Logiciel de chat de type aMSN ou encore Microsoft Messenger, mais compatible AIM, .MAC, ICQ, Jabber, MSN, Yahoo!, Yahoo! Japan, Bonjour, Gadu-Gadu, Novell Groupwise, Lotus. ! Bien intégré à l’interface de Mac OS X, mais offrant moins de fonctionnalité que aMSN. Il peut être utilisé avec le notificateur d’évènement Growl. Téléchargement
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Skype Mac – Windows – Linux Logiciel similaire à MSN mais qui est centré sur la conversation audio. Il vous permet de parler à n’importe qui ayant ce logiciel ou même appeler vers les téléphones fixes. La grande nouveauté de ce logiciel est la visioconférence, ainsi vous pouvez vous entendre et vous voir en même temps ! Téléchargement
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FireFox Mac – Windows – Linux Navigateur mozilla plus qu’intéressant. Sans doute le plus gros concurrent de Safari. Il offre en effet une navigation plus performante que Safari sur certaines pages. Très rapide ! Téléchargement
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Vienna Mac OS X 10.3.9 ou ultérieur Vienna reprend les grandes qualités de l’interface utilisateur iTunes pour nous proposer un lecteur de flux RSS performant et léger. Téléchargement
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coconutWiFi Mac OS X 10.3.9 ou ultérieur et Carte Airport (UB) CoconutWiFi affiche un petit point de couleur et le nombre de réseaux WIFI dans la barre des menus. Téléchargement
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TubeTV Mac OS X 10.4 et + Tube TV est un logiciel servant à télécharger vos vidéos préférées qui sont sur Youtube. Son utilisation en est très simple car la navigation sur Youtube est possible à travers le logiciel. Si vous le désirez, vous pouvez demander à TubeTV de faire la conversion du vidéo pour votre iPod/iPhone/Apple TV automatiquement. Note : Tube TV nécessite Perian. Téléchargement
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FFXporter Mac OSX 10.4 et + FXporter est un logiciel vous permettant d’exporter vers Flickr directement depuis IPhoto. Versions compatibles: IPhoto 04,05,06 et 08 Note: Le redémarrage d’IPhoto est nécessaire. Téléchargement
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Word Plugin Mac OS 10.3 et plus, et Safari 1.2 et plus Plug-in permettant à Safari de lire les fichiers « .doc ». Téléchargement
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NetNewsWire 3.1 Mac OSX 10.4 et + Outil permettant de lire des flux RSS. Téléchargement _
PDF Plugin Mac OS 10.3 et plus, et Safari 1.2 et plus Plug-in permettant de lire les fichiers « .pdf » directement dans Safari. Téléchargement
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SafariBlock Mac OS 10.3 et plus, et Safari 1.3 et plus Plug-in permettant de bloquer les publicités des sites internets. Téléchargement
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Zattoo Mac, Linux, Windows XP/Vista Regarder la TV sur votre Mac gratuitement. Téléchargement
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iPod & iTunes
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Forty-TwoDVD (en francais) Mac Forty-TwoDVD promet de convertir toutes sortes de formats vidéo ou un DVD en format compatible avec l’iPod 5G, mais également la PSP ou une SD-Card (il offre également la possibilité de graver un fichier vidéo sur un CD). Ce logiciel est francisé. Téléchargement _
Handbrake Lite Mac Handbrake Lite est la version allégée d’Handbrake pour encoder des DVD vers l’iPod 5G. Extrêmement simple d’utilisation, l’encodage se lance en cliquant simplement sur un bouton. Pour finir, l’encodage est rapide. Téléchargement
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MPEG Streamclip (en français) Mac Voilà un logiciel d’encodage vidéo qui offre pleins d’options d’exportation ! Le mode d’emploi, très simple : glisser-déposer une vidéo sur la fenêtre suivi d’un Fichier->Exporter en MPEG2. Cela permettra de l’encoder dans un format compatible iPod 5G. Téléchargement
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Jeux
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Boom Mac Boom est un jeu d’arcade pas tout neuf, mais terriblement prenant avec la possibilité de jouer à deux ! Il vous faut détruire des briques et tuer des méchants avec vos bombes pour passer les différents niveaux. Téléchargement
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Super Mastermind Mac OS 8/9/X C’est le jeu de Mastermind en version originale et réaliste. Le but du jeu : découvrir par déductions successives une combinaison de couleur cachée par l’ordinateur. Téléchargement
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Mario Sudoku Mac OS X Mario Sudoku génère des grilles de Sudoku qu’il vous faudra remplir de chiffres (1 à 9) en veillant à respecter les règles, à savoir, ne pas inscrire deux fois le même chiffre sur une même colonne ou rangée de la grille. Téléchargement
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Marbol Mac Le but du jeu est de placer correctement les boules de couleurs entre elles afin qu’elles se suppriment et que votre score augmente. C’est une sorte de Tétris. Téléchargement
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No gravity Mac OS X 10.4 – Windows – Linux, etc Excellent jeu de combat dans l’espace tout en 3D, avec de nombreuses missions et en français ! Téléchargement
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Escort Wing Mac OS X – Windows Excellent jeu d’escorte de vaisseaux spaciaux en 2D. Seul reproche : il propose peu de mission. Téléchargement
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FooBillard Mac OS X (UB) Excellent jeu de billard tout en 3D. Téléchargement
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Plouf 2 Mac OS X But du jeu : il faut éviter que la bille touche le haut ou le bas de la fenêtre tout en touchant un maximum de barre horizontal pour avoir le maximum de point. Possibilité d’envoyer sur internet son meilleur score. Téléchargement
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Mac Crack Attak Mac OS X Petite variante de Tetris en 3D et en couleur : agencez les cubes pour les éliminer. Téléchargement
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Rollout Mac OS X et Carte graphique 16Mo Jeu tout en 3D où vous incarner un robot sur-armé. Combattez les autres robots pour finir une arène et passer à la suivante. Des armes plus puissantes sont cachées dans les arènes. Téléchargement
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Solitaire Forever Mac OS X Plus de 100 types de solitaire. Jeu très beau en 3 dimension. Téléchargement
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Pratique
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Freeware Update Mac OS X 10.4 Freeware Update est un logiciel qui recherche les mises à jour de vos gratuiciels, les télécharge et les installe automatiquement. Il ne vous reste qu’à patienter. L’interface de ce logiciel est « à la iPhoto » et peut fonctionner en tâche de fond (Deamon). Téléchargement
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Smultron Mac Editeur de texte très pratique avec possibilité de prévisualiser les documents ! Recherche rapide ou avancée sont incorporées avec un tiroir qui peut être ou non affiché pour les prises de note ou la recherche. Téléchargement
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GraphicConverter Mac OS X – Windows GraphicConverter, c’est comme un « mini-PhotoShop » ! Vous avez la possibilité de créer des diapos avec des dossiers contenant vos images, convertir des images vers d’autres format. De nombreux outils sont disponibles pour la retouche d’images. Téléchargement
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VirtueDesktops Mac OS X 10.4 VirtueDesktops se loge dans votre barre de menu et ne prend pas de place. Il offre la possibilité de passer d’un écran à un autre (avec de beaux effets) en fonction des logiciels utilisés par le Finder. On a donc plusieurs bureaux virtuels ou « spaces » comme dans Léopard ! Téléchargement
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Journler Mac OS X 10.4 Journler vous permet de stocker vos notes perso : réflexions, journal intime, recettes, pense-bête. Tout ce qui vous passe par la tête peut être intégré au logiciel, agrémenté d’images, de sons, de liens HTML publiable sur des blogs comme WordPress, LiveJournal ou Blogger. Téléchargement
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Chax Mac Chax est une application qui rajoute des fonctionnalités en plus dans iChat qui ne sont pas disponibles sans Chax. Par exemple : notification des messages non lus dans le dock, icônes animées, redimensionnement automatique ajusté à la liste de contact, reconnection automatique après déconnexion… Téléchargement
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Growl Mac Growl est un notificateur d’évènement. Il est compatible avec de nombreuses application : CyberDuck, iChat, Adium, aMSN, iTunes… Téléchargement
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KidiFree Mac OS 10.3.1 ou ultérieur Logiciel de partage de gratuiciels. Il se connecte à sa base de données pour proposer de très nombreux gratuiciels. Pour chacun d’eux, il propose une note, sa configuration nécessaire et des captures d’écran, avec, évidemment un descriptif du logiciel. De plus, il permet d’ajouter vos propres gratuiciels ! Téléchargement
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ClamXav Mac OS 10.2 minimum Un anti-virus pour mac… Gratuit, en français et régulièrement mis à jour. Téléchargement
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MPlayer Mac OS X Un lecteur multimédia compatible avec la quasi totalité des formats. Téléchargement
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AppDelete Mac OS X Petite application qui permet de supprimer entièrement une application (sorte de désinstallateur pour mac). Téléchargement
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StuffIt Expander Mac OS X – Windows – Linux Logiciel de décompression de fichier quel qu’ils soient. Fournit depuis très longtemps avec les machines Apple, il n’apparait plus dessus depuis Tiger… Voici de quoi réparer l’erreur ! Téléchargement
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AppTrap Mac OS 10.4 Panneau de préférence qui permet de supprimer une application et ses fichiers associés par un simple glisser-déposer dans la corbeille de Tiger ! Téléchargement
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BurnX free Mac OS 10.2.3 ou +, Windows BurnX free est une application très simple pour graver des CD ou DVD simple ou multi-sessions dans divers formats. Un logiciel qui conviendra à tout ceux qui n’ont pas envie d’avoir, ni besoin de fonctions poussées. Téléchargement
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CoconutBattery Mac OS 10.4.4 (UB) CoconutBattery affiche dans sa fenêtre toutes les informations possibles sur votre batterie, c’est-à-dire, entre autre : charge courante, capacité maximale de la charge, nombre de cycle de chargement, âge du mac… Téléchargement
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Hide Folder Mac OS 10.2 minimum Hide Folders est une application simple qui permet graphiquement de rendre invisibles et visibles les dossiers et fichiers que vous voulez cacher, avec ou non un mot de passe pour les rendre visible. Téléchargement
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SecureFiles Mac OS 10.4 SecureFiles est une petite application qui vous permet simplement de créer des images disque cryptées qui sont protégées par mot de passe où vous pourrez stocker vos données sensibles. Téléchargement
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infoFile Mac OS X Petit logiciel permettant de retrouver l’extension d’un fichier quand celle-ci est incorrect ou qu’il n’y en a pas. Téléchargement
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Service Scrubber Mac OS 10.4 (UB) Logiciel permettant de désactivé, de sélectionner, d’ajouter… Bref de gérer les services disponibles dans le menu service sous le menu pomme. Téléchargement
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UNO Mac OS 10.4 uniquement (UB) Logiciel de customisation : il permet d’unifier l’apparence de tous vos logiciel et du système avec un jolie effet lissé… Téléchargement
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iAlertU Mac OS 10.4 (MacBook ou MacBook Pro recommandé) Ce logiciel est une alarme de voiture pour mac… Téléchargement
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iTaf Mac OS 10.4 (Mac OS 10.2 et 10.3 disponible sur le site de l’éditeur) ITaf est un simple réveil, facile à utiliser qui utilise iTunes. Téléchargement
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MenuMeters Mac OS X 10.2 ou ultérieur MenuMeters est un panneau de préférence système qui permet d’indiquer dans la barre des menus des indications concernant le système, telle que l’utilisation de CPU, de RAM, etc. Téléchargement
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OnyX Mac OS X 10.2 ou ultérieur OnyX est un utilitaire de maintenance et d’optimisation pour Mac OS X. Téléchargement
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RCDefaultApp Mac OS X 10.2 ou ultérieur (UB) RCDefaultApp est panneau de préférences qui permet à l’utilisateur de définir l’application par défaut utilisé pour divers régimes d’URL, extensions de fichiers, types de fichiers… Téléchargement
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SlimBatteryMonitor Mac OS X 10.3 ou ultérieur SlimBatteryMonitor remplace avantageusement le menu batterie du système Mac OS. Téléchargement
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Perian Mac OS X 10.4.7 minimum Perian n’est pas une application mais un plugin pour QuikTime. Il apporte la compatibilité avec un maximum de formats vidéos. Téléchargement
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IConjugue Mac OS X Pour avoir la conjugaison française de tous les verbes sous la main ! Téléchargement
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Widget Dictionnaire Mac OS X 10.4.3 minimum Un widget très pratique pour avoir le dictionnaire français sous la main ! De quoi pallier le manque de Mac OS X à ce niveau puisqu’il ne propose qu’un dictionnaire anglais. Téléchargement
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Boot camp, virtual box, VM ware fusion, parallels desktop

Dans notre série « Comment faire tourner Windows sur un Mac sans redémarrer avec BootCamp ?« ,

poursuivons notre petit tour des solutions de virtualisation !

c’est vraiment stupéfiant d’avoir les 2 mondes en basculant d’une fenêtre à une autre. On a une interopérabilité géniale.

Le mode fusion permet d’avoir l’appli dans mac os comme si c’etait natif!

Après Parallels et VMWare , voir l’analyse de janvier2009 sur VirtualBox.
Initialement développée par Innotek, une entreprise allemande rachetée par Sun en février 2008, cette solution de virtualisation gratuite se pose en concurrent sérieux de Parallels Desktop et de VMWare Fusion.

http://www.commentcamarche.net/telecharger/telecharger-3673479-virtualbox

http://www.virtualbox.org/wiki/Downloads

Petite visite en vidéo (et en français) de la VirtualBox avec Achim Hasenmueller, co-fondateur historique d’Innotek, aujourd’hui ingénieur chez Sun microsystems.

C’est bien d’avoir un tel programme gratuit, par contre il y as encore quelque progre a faire pour etre au niveau de Fusion 2.

C’est clair que niveau finition et intégration système, il ne joue pas dans la même cours que ses concurrents payant (même pas de drag & drop).
Ceci dit, il répond parfaitement à mes besoins en virtualization. Je trouve que niveau perf il s’en sort très bien.

VirtualBox permet d’émuler complètement un PC. C’est comme si vous aviez un second PC dans une simple fenêtre.
C’est utile pour tester d’autres système d’exploitation sans repartitionner et sans risque (repartitionner par exemple Linux), pour naviguer en toute sécurité ou pour tester un logiciel sans risque de rendre son système d’exploitation instable.

Vous pouvez créer autant de machines virtuelles que vous le souhaitez, et installer tous les systèmes d’exploitation que vous le voulez dedans.
Il est possible de définir – pour chaque machine virtuelle – combien de mémoire elle possède, de disque dur, si elle aura accès aux ports USB, au réseau, à la carte son, etc.

VirtualBox contient un gestionnaire de disques qui vous permet de créer des disques virtuel sous forme de fichiers .vdi qui apparaîtront comme de vrais disques dans les machines virtuelles.
Cela vous permet donc de « créer » à volonté des disques, et cela sans jamais avoir à repartitionner votre disque dur.

Vous pouvez également utiliser directement des images ISO de CD et DVD, ce qui permet de tester des distributions Linux sans avoir à les graver.

Cerise sur le gâteau, VirtualBox possède un serveur RDP intégré, ce qui permet de démarrer une machine virtuelle sur un ordinateur, et utiliser cette machine virtuelle à partir d’un autre ordinateur.

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Comparaison des soft sur un paln techno

en particulier sur un macpro intel x86  tiger  osx 10.5.x

Version du système :    Mac OS X 10.5.6 (9G55)
Version du noyau :    Darwin 9.6.0

VMWare est plus rapide dans l’ensemble, notamment au démarrage mais Parallel est plus confortable à utiliser.

Les outils VMWare n’affecte pas le système windows (au cas où c’est via bootcamp) en revanche parallel s’implique un peu plus. On va dire que VMWare reste à la surface et pas Parallel.

dans une optique « serveur ». virtualBox s’en sort très bien! Même beaucoup mieux que Fusion et Parrallels. Son mode en ligne de commande, et le fait de pouvoir démarrer les VM en arrière plan (sans fenêtre)…

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qq remarques:

les logiciels de virtualisation prennent beaucoup de mémoire vive, surtout si les OS invités en demandent beaucoup (surtout Vista argh). Donc le maitre-mot, c’est la ram. Il faut au strict minimum avoir 2 Go de ram.

les logiciels de virtualisation sont incapables de gérer la CG hôte, et n’émulent qu’une CG de base, par exemple les effets 3D sont très mal gérés.

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Je viens fraîchement d’installer la dernière version de Virtual Box et je me demandais comment utiliser la partition Windows creer par bootCamp.

Auparavant j’utilisait Parrallels Desktop, lors de la configuration j’ai simplement eu à préciser ma partition windows, il me la toute suite reconnue et windows à démarré.

Virtual Desktop me demande de creer une image de cette partition qui bien sur me consommera de la place, est t’il possible d’utiliser directement la partition windows sans passer par la création d’une image ?

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Je n’ai jamais essayé VMWare par j’utilise paralelle et auparavant virtual box
Le mode cohérence est sympa même si je ne l’utilise que rarement, en effet j’ai installé windows pour un logiciel que j’utilise seul qui n’a pas de lien avec d’autres applications.
details marrant on a accès à la logithèque mac via le menu démarrer de win.

J’en profite pour glisser quelque mots sur virtual box .
Ce logiciel gratuit est vraiment bien construit et facile à prendre en main il n’est pas à grand chose des logiciel payants.
Cependant son interface est moins bien fini que paralelle, ne paramètre pas le réseau pour avoir accès aux dossier mac automatiquement, nécessite un plugin pour avoir le passage de souris de win à OSX ,de plus le mode cohérence ou fusion n’existe pas.
Niveau vitesse il est un peu plus lent mais ce n’est qu’une sensation.

une mise à jour de virtualbox de 2008. http://www.macgeneration.com/news/voir/131628/sun-lance-sa-virtualbox-en-version-2.0

PLoS_comput–guidelines-table-figure

http://www.ploscompbiol.org/static/figureGuidelines.action

PLoS_Biology–guidelines-figure-table

http://journals.plos.org/plosbiology/figure_guidelines.php

pour commencer un article PLoS_one__guidelines-figure-table

Guidelines for Figure and Table Preparation

http://www.plosone.org/static/figureGuidelines.action

Contents:

  1. Introduction
  2. Creative Commons Attribution License
  3. Titles and Legends
  4. General Considerations
  5. Figure Preparation
  6. Figure Dimensions
  7. Figure Types
  8. Uploading Figures to the PLoS Manuscript Submission System
  9. Multimedia Files
  10. Image Manipulation
  11. How To
  12. Format Tables
  13. Getting Help

1. Introduction

As part of the process of making scientific and medical literature openly accessible on the Web, PLoS uses a streamlined production process that takes authors’ submitted figures straight to the formatting stage. Most importantly, PLoS does not redraw figures submitted for publication in articles. Therefore, figure preparation is the author’s responsibility.

Please read the following guidelines carefully and thoroughly. Failure to comply with these guidelines may result in lower-quality figures and prolonged publishing time of your article.

2. Creative Commons Attribution License

All figures and photographic images will be published under a Creative Commons Attribution License (CCAL), which allows them to be freely used, distributed, and built upon as long as proper attribution is given. Please do not submit any figures or photos that have been previously copyrighted unless you have express written permission from the copyright holder to publish under the CCAL license.

For license inquiries, email license@plos.org.

3. Titles and Legends

Titles and legends (captions) for figures published with articles (i.e., not Supporting Figures) should be included in the main manuscript text file, not as part of the figure files themselves. For each figure, list the following information at the end of the manuscript text, after the references:

  • Figure number (in sequence, using Arabic numerals: Figure 1, Figure 2, Figure 3, etc.)
  • Short title using a maximum of 15 words. The figure title should be bold type, using sentence case ending with a period (.). For example: Figure 1. Adaptation and its potential costs.
  • A detailed legend of 300 words maximum can follow the figure title. Figure parts should be indicated (see Parts Labels, below).
  • For more detailed information on Legends, see Author Guidelines: Figure Legends.

Supporting Figures. If Supporting Information figures will publish with your paper, please include the captions in the article file for PLoS Biology or Medicine, and in the File Title field of the online submission system for PLoS ONE, Neglected Tropical Diseases, Genetics, Computational Biology, or Pathogens.

Note: If at any point you have to change the numbering order of your figures, you must make sure that all figure captions correctly correspond with the figures.

4. General Considerations

There are two broad categories of figures in PLoS articles: (1) those publishing directly with the article and (2) Supporting Information figures.

Supporting Figures are not published directly in the article; rather, a hyperlink to the figure is provided in the online version of the published article. Figures publishing as Supporting Information can be in any file format or dimension, as long as they are no larger than 10 MB.

Provide a separate file for every figure in your manuscript, including Supporting Information figures. Figures should not be embedded in the main manuscript file. For example, if your manuscript has 10 figures, you would upload 10 individual files.

Note: PLoS converts EPS figures to TIFF before publishing so that they can be viewed in our online and PDF formats.

Recommended Graphics Software

Several graphics software packages are available to help you create high-quality graphics:

  • Adobe Photoshop
  • Adobe Illustrator
  • PowerPoint
  • CorelDraw
  • GIMP (freely distributed at www.gimp.org)

Note: Microsoft Word
PLoS does not recommend using Microsoft Word to adjust image size. Microsoft Word automatically down-samples figures and embeds them in the document at 72 dpi, so the images may be at a lower resolution and quality than is acceptable. We require that figures be created at a minimum resolution of 300 dpi.

Note: Microsoft Excel
PLoS does not recommend Excel to make or adjust figures. It does not have the optimal formatting to display graphics and images properly. This program should be used for tables only. See Table Guidelines for more information on formatting tables.

5. Figure Preparation

File Size

Individual figure files should not exceed 10 MB. If you are having trouble reducing the size of your files, refer to the section below titled Reduce TIFF File Size with LZW Compression.

Figure Quality

A figure that looks good on screen may not be at optimal resolution. Test your figures by sizing them to their intended dimensions and then printing them on your personal printer. The online version should look relatively similar to the personal-printer copy: it should not look fuzzy, jagged, pixilated, or grainy at intended print size.

Note: The quality of your figures will be only as good as the lowest-resolution element placed in them. In other words, if you created a 72 dpi line graph and save it as a 300 dpi TIFF, the image will still print out as a 72 dpi image.

Figure Format

Figures for publication must be submitted in high-resolution TIFF or EPS format only. Some figure types should be submitted in TIFF only (see Figure Types below). If you submit an EPS file it will be converted to TIFF prior to publishing. See How To: Convert Other File Types to TIFF below for more information on converting figure files to TIFF.

Color Mode

Figures containing color should be saved in RGB rather than CMYK or any other channels.

Layered TIFFs

TIFF files with multiple layers are not an accepted format for figures. Please make sure you provide us with a flattened version of your file. To flatten a layered TIFF file, open your figure in Photoshop. From the menu bar select Layer/Flatten Image and save the file. See also Combination Figures, below.

layered1 layered2
Figure example that has layers. Figure example that has the layers flattened. Only the Background layer remains.

Background Color

Create your figures using a white background. If you create figures using a transparent background, the figures may not display well in the online format.

Figure example showing a figure created with a transparent background. Transparent backgrounds do not work well in the online format. Figure example showing a figure created with a white background. White backgrounds display well in any format.

Lines, Rules, and Strokes

Lines should be at least 0.5 point and no more than 1.5 points in order to reproduce well in a PDF file or web format.

Figure example showing lines that are too thick and lines that are too light in color. Light color do not display well when published. Figure example showing the correct line widths and darker colored accent lines.

White Space

Each figure should be closely cropped to minimize the amount of white space surrounding it. PLoS recommends a 2 point white space border around each figure. Cropping figures improves accuracy when the figure is placed among other elements during production of the final published article.

Figure example that has too much white space. Figure example that has the correct amount of white space.

Text within Figures

Fonts

Figure text must be in Arial font, between 8 and 12 points. Make sure that the visual information is readable at the size you select.

Figure text that requires a font family other than Arial (math symbols, etc.) must have the font information embedded in the figure file. See Embed Fonts in EPS Files and Convert Text to Outlines below for more information.

Parts labels

Multi-panel figures (those with parts A, B, C, and D) should be submitted as a single file that contains all parts of the figure. Label the figure itself with capital letters, Arial bold font, 12 points. Do not use punctuation (no periods or brackets). Any TIFFs with layers must be flattened (see Combination Figures below.)

Figure example that has the incorrect label format. Figure example that has the correct label format.
Figure example showing the use of the incorrect font family. Figure example correctly using the Arial font family.

6. Figure Dimensions

Figures for publication will be sized to fit 1, 1.5, or 2 columns of the final printable PDF of the article. Dimensions will also depend on the article type. Please follow the sizing recommendations below for your original submission to create high-quality, appropriately sized figures. See Figure Types below for descriptions and recommendations for line drawings, grayscale drawings, halftones, and combination figures.

Note: Figures for article types other than Research Articles are not sized or scaled. You must create figures for these articles types in their actual print or online display size. See below for sizing information.

Figure Alignment

Figures will be left-aligned on the page or column, so please design them accordingly.

Figure Width

Figures can have a width between 8.25 cm and 17.15 cm and a maximum height of 23.5 cm. If your figures have labels that are in 8 point type or if your figures are very detailed, it is recommended that your figure be created so that it will span two columns.

Article Type

  • 2-column: Research Article, Expert Commentary, Guidelines and Guidance, Learning Forum, Neglected Diseases, PLoS Medicine Debate, Primer, Review, Symposium.
  • 3-column: Editorial, Education, Essay, Health In Action, Historical and Philosophical Perspectives, Historical Profiles and Perspectives, Interview, Message from ISCB, Opinion, Perspective, Policy Forum, Policy Platform, Research In Translation, Special Report, Viewpoint.

Quick Reference – Figure Dimensions for 2-Column Article Types
Inches Pixels Centimeters Picas
Width for 1-Column Figures 3.25 in 312 px 8.25 cm 19.49 picas
Width for 1.5-Column Figures 4.75 – 5.0 in 456 – 480 px 12.06 – 12.7 cm 28.5 – 30 picas
Width for 2-Column Figures 6.75 in 648 px 17.15 cm 40.5 picas
Height Maximum for All Figures 9.25 in 888 px 23.5 cm 55.5 picas
Quick Reference – Figure Dimensions for 3-Column Article Types
Inches Pixels Centimeters Picas
Width for 1 Column Figures 2.15 in 207 px 5.5 cm 12.95 picas
Width for 2 Column Figures 4.5 in 434 px 11.5 cm 27.15 picas
Width for 3 Column Figures 6.75 in 648 px 17.15 cm 40.5 picas

7. Figure Types

Line Art

Line art has sharp, clean lines and geometrical shapes against a white background. Line art is typically used for tables, charts, graphs, and gene sequences. You can use a program like Illustrator to create high-quality line art. A minimum resolution of 300 dpi will maintain the crisp edges of the lines and shapes.

  • Format: EPS or TIFF
  • Minimum Resolution: 300 dpi

Grayscale

Grayscale figures contain varying tones of black and white. They contain no color, so grayscale is synonymous with « black and white. » The gray scale is divided into 256 sections with black at 0 and white at 255. Software for preparation of grayscale art includes Photoshop.

  • Format: EPS or TIFF
  • Minimum Resolution: 300 dpi

Halftones

The best example of a halftone is a photograph, but halftones include any image that uses continuous shading or blending of colors or grays, such as gels, stains, microarrays, brain scans, and molecular structures. To prepare and manipulate halftone images, use Photoshop or a comparable photo-editing program.

  • Format: TIFF
  • Minimum Resolution: 300 dpi

Combination Figures

Combination figures contain two or more types of images, for example, a halftone figure containing text. You should embed the images, group the objects, or flatten the layers, and flatten transparencies before saving as TIFF at a minimum of 300 dpi.

  • Format: TIFF
  • Minimum Resolution: 300 dpi

Stereograms

Stereograms are figures with two almost identical pictures placed side by side which, when viewed through special glasses or a stereoscope, produce a three-dimensional image.

If you plan on submitting a stereogram as one of your figures, make sure this is clearly mentioned in the caption for the figure within the manuscript. Stereograms must be sized so that the centers of each of these images are 63 mm apart. Make sure that the stereogram figure is at the size you would like them to display. They will be checked prior to publishing, but this step will ensure your stereogram will be viewed properly.

Quick Reference Table for Common Figure Types
Line Art Grayscale Halftones Combination Figures
Required File Types EPS or TIFF EPS or TIFF TIFF TIFF
Required Resolution 300 dpi 300 dpi 300 dpi 300 dpi
Example Software for Preparation Adobe Illustrator Adobe Photoshop; GIMP Adobe Photoshop; GIMP Adobe Photoshop; GIMP

8. Uploading Figures to the PLoS Manuscript Submission System

Upload Order

  • Upload cover letter, then article file first. Ensure that it contains the figure legends, but not the figures themselves.
  • Figures should be numbered in the order they are first mentioned in the text, and uploaded in the same order. For example, Figure 1 should be uploaded as the first figure file, Figure 2 the second, etc.
  • Figures should be uploaded in the desired orientation.
  • Multimedia files (.avi or .swf files) must be uploaded as a Supporting Information file type and not a figure. See Multimedia Files below for more information.

Note: When a figure is uploaded to the PLoS manuscript submission system, a PDF file is created that contains the image but does not represent the final appearance of your figures in your published article. In addition, a « merged PDF » containing the article file and all of the figures is created automatically, which should be used by authors as a quick way to review their figures for egregious errors.

9. Multimedia Files

PLoS encourages authors to submit multimedia files that are crucial to the conclusions of the paper. Multimedia files should be smaller than 10 MB because of the difficulties that some users will experience in loading or downloading files. These files are published as Supporting Information. Preferred formats are:

  • Audio: MP3
  • Video: MOV, progressive download, 320 x 240 px frame size
  • Flash: SWF

10. Image Manipulation

Image files should not be manipulated or adjusted in any way that could lead to misinterpretation of the information present in the original image. Inappropriate manipulation includes but is not limited to:

  • The introduction, enhancement, movement, or removal of specific feature(s) within an image;
  • Unmarked grouping of images that should otherwise have been presented separately (for example, from different parts of the same gel, or from different gels, fields, or exposures);
  • Adjustments of brightness, contrast, or color balance that obscure, eliminate, or misrepresent any information.

Digital images in manuscripts nearing acceptance for publication may be scrutinized for any indication of improper manipulation. If evidence is found of inappropriate manipulation we reserve the right to ask for original data and, if that is not satisfactory, we may decide not to accept the manuscript.

We are grateful to staff at the Journal of Cell Biology (Rockefeller University Press) for their help in establishing these guidelines and procedures (http://www.jcb.org/misc/ifora.shtml#image_aquisition)

11. How To

Embed Fonts in EPS Files

Always embed fonts or create outlines when creating EPS files. If your figures require special symbols and Greek characters the text may not reproduce properly unless you embed your fonts or create outlines of the text. See the Convert Text to Outlines below for more information.

To embed fonts using Adobe Illustrator, open the EPS file. From the File Menu, select Save As. In the Save As dialog box, make sure that the Embed Fonts option is selected and click OK.

Convert Text to Outlines

When you convert text to outlines, the text is converted to a series of lines and fills. The reference to the font that was used to create the text is no longer present. This process makes it unnecessary for the PLoS production department to have the original font used to create the figure text. This is to ensure that your figures publish as you intended them to.

Example of text that has not been converted to outlines. Example of text that has been converted to outlines. Notice that every character is outlined.

You can use Adobe Illustrator to convert text to outlines by selecting the text you want to convert. Then from the Type menu, select Create Outlines (Shift + Control + O on PC, and Shift + Apple + O on Mac).

If you do not convert text to outlines, when your figure is opened during the production process any text in a non-standard font will automatically be substituted for default font. This can cause the text in the figure to render incorrectly.

Caution: You will not be able to change your text after it has been converted to outlines so make sure it is correct before converting.

Convert Other File Types to TIFF

Convert PDF to TIFF Using Photoshop

  1. Open the PDF file in Photoshop and select the page of the PDF that contains the figures to save as TIFF.
  2. From the File menu, select Save As to open the Save As dialog box.
  3. In the Save As dialog box, select TIFF from the Format dropdown list.
  4. When the TIFF Options dialog box displays, make sure to check the LZW compression checkbox.
  5. Click OK.

Convert EPS, JPG, GIF, or Other File Types to TIFF Using Photoshop

  1. Open the figure file in Photoshop.
  2. From the File menu, select Save As to open the Save As dialog box.
  3. In the Save As dialog box, select TIFF from the Format drop down list.
  4. When the TIFF Options dialog box displays, make sure to check the LZW compression checkbox.
  5. Click OK.

Note: Do not use the « optimize for web » wizard for any figures. Some programs may down sample your images to low resolution.

Convert PDF to TIFF Using Adobe Illustrator

  1. Open the PDF file in Adobe Illustrator, select the PDF page to export and click OK.
  2. From the File menu, select Export to display the Export dialog box.
  3. From the Export dialog box, select TIFF from the Save as Type drop down list and click OK.
  4. When the TIFF Options dialog displays, select LZW compression.
  5. Click OK to complete the process.

Convert EPS to TIFF Using Illustrator

  1. Open the EPS file in Adobe Illustrator.
  2. From the File menu, select Export to display the Export dialog box.
  3. From the Export dialog box, select TIFF from the Save as Type drop down list and click OK.
  4. When the TIFF Options dialog displays, select LZW compression.
  5. Click OK to complete the process.

Convert PowerPoint Files to High-Resolution TIFFs Using Adobe Acrobat and Photoshop

Caution: Do not use File > Save as > TIFF. This will result in a low-resolution, poor-quality figure.

Step I: Convert PowerPoint File to PDF

There are two possible ways to create PDFs from PowerPoint files: use the Adobe PDF menu in some versions of PowerPoint, or create a PDF via the Print command.

  1. Open your file in PowerPoint. From the Adobe PDF menu, select Change Conversion Settings. The PDFMaker Settings dialog displays.
  2. From the Conversion settings dropdown menu, select High Quality and click OK.
  3. From the Adobe PDF menu, select Convert to Adobe PDF. You will be asked to save the PDF file to a location of your choosing.
  4. Click OK.

– OR –

  1. Open your file in PowerPoint.
  2. Select Print from the File dropdown menu.
  3. Select the PDFCreator or similar tool in the Printer Name window.
  4. Click OK.

Note: If your PowerPoint file contains figures on multiple slides, after you create the PDF file you will need to use Adobe Acrobat to separate the figures/slides into individual files. You can also use PowerPoint to create separate files of each figure/slide.

Step II: Convert Multi-Page PDF File to Individual Files

  1. Using Adobe Acrobat Standard, open the PDF file that you created in Step 1. From the Document menu, select Pages and then Extract. The Extract Page dialog box displays.
  2. Enter the page numbers in the To and From fields and then select the Delete Pages checkbox. Checking this box will delete the page that you entered in the To and From fields from the PDF file.
  3. Click OK. The page that you specify in the previous step is now shown in Acrobat.
  4. From the File menu, select save and enter the file name (e.g., Figure 1) for the extracted page and then click OK.
  5. Repeat this process until a separate file is created for each figure/slide.

Step III: Convert Individual PDF Files to TIFFs

  1. Using Photoshop, open the PDF file that you created in Step II.
  2. From the File menu, select Save As.
  3. From the Save As dialog box, select TIFF from the Format dropdown list and click Save.
  4. In the TIFF Options dialog box, make sure the following options are selected. Under Image Compression, select LZW and under Pixel Order, select Interleaved.
  5. Click OK.
  6. Repeat this process until a separate TIFF file is created for each figure/slide.

Reduce TIFF File Size with LZW Compression

PLoS has a strict 10 MB figure file limit. To reduce the size of your figure, open your TIFF files in Photoshop. From the File menu, select Save As to open the Save As dialog box. In the Save As dialog box, select TIFF from the Format dropdown list. When the TIFF Options dialog box displays, make sure to check the LZW compression checkbox. Click OK.

Locate the Resolution Information in a TIFF File

You can locate the resolution of a figure file using Adobe Photoshop or through Windows Explorer.

Photoshop

To find the resolution of a figure using Photoshop, first open the file. Then from the Image menu, select Image Size. The Image Size dialog box will open displaying the figure dimensions, document size and resolution. You can decrease the size of a file, but you should not increase the resolution and/or dimensions of a file to meet the journals requirements. Increasing the file sizes manually may result in poor quality figures.

Windows Explorer

To check the resolution of a figure file using Windows Explorer, locate and select the file. Right-click and select Properties. In the Properties dialog box, select the Summary Tab. If you do not see the properties of the figures, click Advanced. This will display all of the properties associated with the selected figure. Look at the Horizontal Resolution and Vertical Resolution to determine the figure resolution.

12. Format Tables

Tables submitted for production should be included at the end of the article DOC or RTF file. For LaTeX submissions, table files should be uploaded individually into the online submission system. Tables that will be Supporting Information files can be submitted in any allowed format: Word, Excel, PDF, PPT, JPG, EPS, or TIFF.

Title and footnotes

Each table needs a concise title of no more than one sentence. The legend and footnotes should be placed below the table. Footnotes can be used to explain abbreviations.

Specifications

Tables that do not conform to the following requirements may give unintended results when published. Problems may include movements of data (rows or columns), loss of spacing, or disorganization of headings. Note: Multi-part tables with varying numbers of columns or multiple footnote sections should be divided and renumbered as separate tables.

Table requirements:

  • Cell-based (e.g., created in Word with Tables tool or in Excel).
  • Editable (i.e., not graphic object).
  • Heading/subheading levels in separate columns.
  • Size no larger than one printed page (7 in x 9.5 in). Larger tables can be published as online supporting information.
  • No returns, tabs, or merged cells or rows.
  • No color, shading, lines, or rules.
  • No inserted text boxes or pictures.
  • No tables within tables.

Examples

<!–

Bad Use of Subhead Images Good Use of Subhead Images Example of incorrect subheads and use of text boxes Example of acceptable subheads within a table

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13. Getting Help

Contact If you have questions about your figures after reading the guidelines, you can email figures@plos.org.

pour PLoS ONE, pour commencer à écrire un article

Organization of the Manuscript (http://www.plosone.org/static/guidelines.action)

Most articles published in PLoS ONE are organized in one of three fashions:

* Title, Authors, Affiliations, Abstract, Introduction, Results, Discussion, Materials and Methods, Acknowledgments, References, Figure Legends, and Tables.

* Title, Authors, Affiliations, Abstract, Introduction, Methods, Results, Discussion, Acknowledgments, References, Figure Legends, and Tables.

* Title, Authors, Affiliations, Abstract, Introduction, Analysis, Discussion, Acknowledgments, References, Figure Legends, and Tables.

———-

You should include continuous line numbering throughout your manuscript.

Standard Microsoft Word templates are available to help authors prepare their manuscripts. The templates consist of a standard set of headings that make up research articles of various types, with guidance regarding what to include in each section.

Download templates:

———–

Title (150 characters or fewer)

The title should be specific to the project, yet concise. It should be comprehensible to readers outside your field. Avoid specialist abbreviations, if possible. Titles should be presented in title case, meaning that all words except for prepositions, articles, and conjunctions should be capitalized.

Example:
Detection of Specific Sequences among DNA Fragments Separated by Gel Electrophoresis

During the online submission process, you will also provide a brief « running head » of fewer than 30 characters.

Authors and Affiliations

Provide the first names or initials (if used), middle names or initials (if used), surnames, and affiliations—department, university or organization, city, state/province (if applicable), and country—for all authors. One of the authors should be designated as the corresponding author. It is the corresponding author’s responsibility to ensure that the author list, and the summary of the author contributions to the study are accurate and complete. If the article has been submitted on behalf of a consortium, all author names and affiliations should be listed at the end of the article.

Abstract

The abstract succinctly introduces the paper. We advise that it should not exceed 250 – 300 words. It should mention the techniques used without going into methodological detail and should summarize the most important results. The abstract is conceptually divided into the following three sections: Background, Methodology/Principal Findings, and Conclusions/Significance. Please do not include any citations in the abstract. Avoid specialist abbreviations if possible.

Registration

Registration details should be included when reporting results of a clinical trial (see « Reporting Clinical Trials » for details). For each location that your trial is registered, please list: name of registry, registry number, and URL of your trial in the registry database.

Introduction

The introduction should put the focus of the manuscript into a broader context. As you compose the introduction, think of readers who are not experts in this field. Include a brief review of the key literature. If there are relevant controversies or disagreements in the field, they should be mentioned so that a non-expert reader can delve into these issues further. The introduction should conclude with a brief statement of the overall aim of the experiments and a comment about whether that aim was achieved.

Results

The results section should provide details of all of the experiments that are required to support the conclusions of the paper. There is no specific word limit for this section. The section may be divided into subsections, each with a concise subheading. Large datasets, including raw data, should be submitted as supporting information files; these are published online alongside the accepted article. We advise that the results section be written in past tense.

Discussion

The discussion should spell out the major conclusions of the work along with some explanation or speculation on the significance of these conclusions. How do the conclusions affect the existing assumptions and models in the field? How can future research build on these observations? What are the key experiments that must be done? The discussion should be concise and tightly argued. Conclusions firmly established by the presented data, hypotheses supported by the presented data, and speculations suggested by the presented data should be clearly identified as such. The results and discussion may be combined into one section, if desired.

Materials and Methods

This section should provide enough detail to allow full replication of the study by suitably skilled investigators. Protocols for new methods should be included, but well-established protocols may simply be referenced. We encourage authors to submit, as separate supporting information files, detailed protocols for newer or less well-established methods. These are published online only, but are linked to the article and are fully searchable.

Acknowledgments

Details of the funding sources that have supported the work should be confined to the funding statement provided in the online submission system. Do not include them in the acknowledgments.

References

Only published or accepted manuscripts should be included in the reference list. Meetings abstracts, conference talks, or papers that have been submitted but not yet accepted should not be cited. Limited citation of unpublished work should be included in the body of the text only. All personal communications should be supported by a letter from the relevant authors.

PLoS uses the numbered citation (citation–sequence) method. References are listed and numbered in the order that they appear in the text. In the text, citations should be indicated by the reference number in brackets. Multiple citations within a single set of brackets should be separated by commas. Where there are three or more sequential citations, they should be given as a range. Example: « … has been shown previously [1,4–6,22]. » Make sure the parts of the manuscript are in the correct order before ordering the citations.

Published Papers
1 Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (1977) DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci U S A 74: 5463–5467.

Please list the first five authors and then add « et al. » if there are additional authors. Use of a DOI number to the full-text article is acceptable as an alternative to or in addition to traditional volume and page numbers.

Accepted Papers
Same as above, but « in press » appears instead of the page numbers. Example: Adv Clin Path. In press.

Electronic Journal Articles 1 Loker WM (1996) « Campesinos » and the crisis of modernization in Latin America. Jour Pol Ecol 3. Available: http://www.library.arizona.edu/ej/jpe/volume_3/ascii-lokeriso.txt. Accessed 2006 Aug 11.

Books
1 Bates B (1992) Bargaining for life: A social history of tuberculosis. Philadelphia: University of Pennsylvania Press. 435 p.

Book Chapters
Hansen B (1991) New York City epidemics and history for the public. In: Harden VA, Risse GB, editors. AIDS and the historian. Bethesda: National Institute of Health. pp. 21–28.

Patents ???????????

Figure Legends

The aim of the figure legend should be to describe the key messages of the figure, but the figure should also be discussed in the text. An enlarged version of the figure and its full legend will often be viewed in a separate window online, and it should be possible for a reader to understand the figure without switching back and forth between this window and the relevant parts of the text. Each legend should have a concise title of no more than 15 words. The legend itself should be succinct, while still explaining all symbols and abbreviations. Avoid lengthy descriptions of methods.

Tables

Tables should be included in the text file, at the very end of the manuscript. All tables should have a concise title. Footnotes can be used to explain abbreviations. Citations should be indicated using the same style as outlined above. Tables occupying more than one printed page should be avoided, if possible. Larger tables can be published as online supporting information. Please ensure that table formatting conforms to our Guidelines for Figure and Table Preparation.

Multimedia Files and Supporting Information

We encourage authors to submit essential supporting files and multimedia files along with their manuscripts. All supporting material will be subject to peer review.

Multimedia files should be smaller than 10 MB in size because of the difficulties that some users will experience in loading or downloading files. Preferred formats for PLoS ONE are:

  • Audio: MP3
  • Video: MOV, progressive download, 320x240px frame size
  • Flash: SWF

Figures, tables, multimedia files, and datasets that make up the supporting information should be referred to in the manuscript with a leading capital S (e.g., Figure S4 for the fourth supporting information figure) and should fall into one of the following categories: Figure, Table, Text, Dataset, Audio, or Video. The numbered title and caption for each supporting information file should be entered into the appropriate fields in the online submission system. The information entered here will appear in the published version, so no supporting information titles or captions should be listed in the manuscript file.

Nomenclature

The use of standardized nomenclature in all fields of science and medicine is an essential step toward the integration and linking of scientific information reported in published literature. We will enforce the use of correct and established nomenclature wherever possible:

  • We strongly encourage the use of SI units. If you do not use these exclusively, please provide the SI value in parentheses after each value.
  • Species names should be italicized (e.g., Homo sapiens) and the full genus and species must be written out in full, both in the title of the manuscript and at the first mention of an organism in a paper; after that, the first letter of the genus name, followed by the full species name may be used.
  • Genes, mutations, genotypes, and alleles should be indicated in italics. Use the recommended name by consulting the appropriate genetic nomenclature database, e.g., HUGO. It is sometimes advisable to indicate the synonyms for the gene the first time it appears in the text. Gene prefixes such as those used for oncogenes or cellular localization should be shown in roman: v-fes, c-MYC, etc.
  • The Recommended International Non-Proprietary Name (rINN) of drugs should be provided.

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http://www.plos.org/support/donate.php

Since the Fall of 2003, PLoS has successfully launched seven open-access journals: PLoS Biology, PLoS Medicine, and our new Community Journals PLoS Computational Biology, PLoS Genetics, PLoS Pathogens, PLoS ONE, and PLoS Neglected Tropical Diseases. We have published thousands of peer-reviewed research articles.


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