toulouse Imagerie et analyse statistique de réseaux micro-vasculaires

Imagerie et analyse statistique de réseaux micro-vasculaires

http://www.imft.fr/recherche/gemp/theme1/operation12.html

Ce travail s’est effectué dans le cadre de plusieurs projets sélectionnés et soutenus par l’European Synchrotron Radiation Facilities (ESRF) en collaboration avec C. Fonta du CERCO (UMR CNRS –UPS 5549) et se poursuit dans le cadre de l’ANR-06-BLAN-0238 «Micro-réseau» en collaboration avec l’INRIA Sophia-Antipolis et l’ESRF.

Notre travail a tout d’abord consisté à mettre au point un nouveau protocole expérimental pour l’imagerie tri-dimensionnelle haute résolution de réseaux micro-vasculaires (Plouraboué et al. 2004). Les différentes étapes de cette méthode de préparation sont :

– L’injection de l’ agent de contraste dans l’ensemble du réseau vasculaire
– La préparation et le conditionnement des échantillons biologiques

– L’imagerie par tomographie synchrotron rayon X

L’avantage de l’utilisation des rayons X synchrotrons par rapport à d’autres techniques, comme par exemple la microscopie confocale, est d’imager des volumes considérables (une dizaine de millimètres cubes) avec une résolution spatiale de l’ordre du micron. Cette méthode nous a permis d’obtenir des images 3D de l’ensemble de la vascularisation de la substance grise de cortex de singe Marmousset (Cf figure ci dessus) et de rats sur une profondeur de l’ordre de quelques millimètres. Nous avons alors procédé à l’analyse de ces images dans le cadre de la thèse de Laurent Risser. En haut une image en rendu volumique de micro-réseaux vasculaires extrait du cortex d’un singe Marmousset. La résolution spatiale est de 1.4 microns, les barrres d’échelle en rouge de 100 microns dans chaques directions de sorte que la hauteur totale de l’échantillons correspondant à l’image est d’environ 2 mm. La figure du bas illustre les résultats obtenus avec une méthode de compteur de boites pour l’analyse fractale 3D de la densité vasculaire. On distingue nettement deux « régimes » pour la distribution de la densité. Un premier régime fractal à petite échelle et un second régime homogène partir d’une échelle proche de 40 microns. Figures extraites de Risser et al, 2007. Ce travail a permis de mettre en évidence les différences structurelles entre réseaux micro-vasculaires corticaux sains et tumoraux.

Un premier résultat d’analyse fractale de la densité vasculaire est illustré sur la figure ci-dessus, où l’on a représenté en coordonnées bi-logarithmiques l’évolution du nombre de boites en fonction de l’échelle considérée. Ce résultat indique la présence d’une distribution multi-échelle de dimension fractale égale à 2.1 de la densité vasculaire sur une gamme de un à quarante microns. Au delà de cette échelle, la densité vasculaire évolue comme celle d’un objet homogène. Quarante microns représente donc ici l’échelle d’un volume élémentaire représentatif pour la densité vasculaire. Cette mesure est à notre connaissance la première mesure directe de cette quantité à partir d’images 3D sur des réseaux micro-vasculaires corticaux (L. Risser et al., 2007).

Nous avons de plus développé des outils d’analyse d’image pour la squelettisation, le post-traitement et la numérisation automatique d’images de tomographie synchrotron. Ces outils permettent en particulier de traiter le problème du raccordement automatique des segments capillaires disconnectés (L. Risser et al, 2008).

Publications

F. Plouraboué, P. Cloetens, C. Fonta, A. Steyer, F. Lauwers & J. P Marc-Vergnes, High resolution X-ray Imaging of vascular networks, J. Microscopy, 215, 2, 139-148, 2004.
L. Risser, F. Plouraboué, A. Steyer, P. Cloetens, G. Le Duc & C. Fonta, From homogeneous to fractal normal and tumorous micro-vascular networks in the brain, 27, 2, J. Cereb. Blood flow and Metabolism, 2007.
L. Risser, F. Plouraboué & X. Descombes, Gap Filling of 3-D Micro-vascular Networks by Tensor Voting, to appear in IEEE Transactions in Medical imaging , 2008.
F. Plouraboué, P. Cloetens, A. Steyer, F. Lauwers and J. P Marc-Vergnes, X-ray tomography of human brain cortical vascular network, In Proceedings of the 6th biennial conference on High resolution X-Ray diffraction and imaging, Grenoble, France, 2002.
F. Plouraboué, P. Cloetens, A. Steyer, F. Lauwers and J. P Marc-Vergnes, X-ray tomography of human brain cortical vascular network, In Proceedings of microcirculation congress, Toulouse, France, 2002.
F. Plouraboué, P. Cloetens, A. Steyer, F. Lauwers and J. P Marc-Vergnes, X-ray tomography of human brain cortical vascular network, In Proceedings of the 6th biennial conference on High resolution X-Ray diffraction and imaging, Grenoble, France, 2002.
L. Risser, F. Plouraboué, P. Cloetens, C. Fonta, Cortical variations of vascular density : a 3D investigation, Human Brain Mapping conference, Chicago, USA, June 2007

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