Archive for the 'soft_interessant' Category; python mac OSX, windows; open source software modeling environment and pde solver

CompuCell is an open source software modeling environment and pde solver. It is largely used for cellular modeling (foams, tissues, etc.), however, efforts are being made to include fluid simulation capabilities. Created in collaboration between groups at IU and Notre Dame, CompuCell provides an easy user interface for complex cellular modeling.

Integration with SBW

We have conducted a preliminary integration of CompuCell3D with Systems Biology Workbench (SBW) to link to subcellular models. As a result users can select the level of detail in their models while working within a single integrated framework.

see :


Source Code and ChangeLog

SVN Repository

To download from our repository, use your favorite svn client and download from:

Known Issues and Requirements

  • Python 2.5
  • Ubuntu users must install python-qt4
  • ———
  • Python and MAC OSX

    Python comes pre-installed on Mac OS X, but due to Apple’s release cycle, it’s often one or even two years old. The overwhelming recommendation of the « MacPython » community is to upgrade your Python by downloading and installing a newer version from the Python standard release page.

    If you are using Mac OS X 10.5, see the Leopard wiki page for detailed information.

    If you’re just curious…

    You don’t have to download anything. You can run a Python interpreter by double-clicking on Applications / Utilities / Terminal (here’s a picture), then typing « python » into the window that opens up.

    You’ll see a prompt that looks like this:

    Python 2.3.5 (#1, Mar 20 2005, 20:38:20)
    [GCC 3.3 20030304 (Apple Computer, Inc. build 1809)] on darwin
    Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

    (On Mac OS X 10.3 (Panther), it will say « Python 2.3.0 », an older version.)Try typing « 2 + 2 » and hit « Enter »:

    >>> 2 + 2

    You’ve just evaluated your first Python expression. It’s a simple environment, but good enough to work through the Python tutorial.By the way, if you download the recommended upgrade mentioned at the top of this page, the « IDLE » development environment will make working through the tutorial a bit easier.

  • FreeSurfer is a set of automated tools for reconstruction of the brain’s cortical surface from structural MRI data, and overlay of functional MRI data onto the reconstructed surface.

    FreeSurfer is a set of automated tools for reconstruction of the brain’s cortical surface from structural MRI data, and overlay of functional MRI data onto the reconstructed surface.

    FreeSurfer is brought to you by the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging. Support for this research was provided in part by the National Center for Research Resources (P41-RR14075, R01 RR16594-01A1 and the NCRR BIRN Morphometric Project BIRN002, U24 RR021382), the National Institute for Neurological Disorders and Stroke (R01 NS052585-01), the National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering, as well as the Mental Illness and Neuroscience Discovery (MIND) Institute and is part of the National Alliance for Medical Image Computing (NA-MIC) funded by the National Institutes of Health through the NIH Roadmap for Medical Research, Grant U54 EB005149.

    FreeSurfer Beginners Guide

    FreeSurfer is a freely available software package developed by investigators at the Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging used for a number of procedures including:

    1. Creation of computerized models of the brain from magnetic resonance imaging (MRI) data. link
    2. Processing of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data. link
    3. Measuring a number of morphometric properties of the brain including cortical thickness and regional volumes. link
    4. Intersubject averaging of structural and functional data using a procedure that aligns individuals based on their cortical folding patterns for optimal alignment of homologous neural regions. link

    Machine Requirements

    To run FreeSurfer, you will need either a PC running Linux or a Macintosh running OS X.

    FreeSurfer consumes a lot of processor time, memory resources and disk space, so it is recommended to run FreeSurfer on as powerful a machine as you have available. For example, at MGH we typically run Linux CentOS 4 on 2.5GHz dual processor AMD Opterons with 4 to 8 GB of DDR SDRAM, and 250GB of disk space.


    The FreeSurfer tools deal with two main types of data: volumetric data (volumes of voxels) and surface data (polygons that tile a surface). The talks and tutorials should familiarize you with FreeSurfer’s volume and surface processing streams, the recommended workflow to execute these, and many of their component tools. The tutorials also describe some of FreeSurfer’s tools for registering volumetric datasets, performing group analysis on morphology data, and integrating multi-modal output with FreeSurfer (overlaying color coded parametric maps onto the cortical surface and visualizing plotted results). After completing the tutorials, you should be able to:

    • perform surface reconstructions;
    • generate subcortical segmentations;
    • fix errors encountered during the volume or surface processing;
    • overlay functional data onto surfaces;
    • perform group analysis of structural (e.g. thickness) and functional data.

    code; matlab; mesh; Source Signal Imaging, developers of EMSE Suite. EMSE Suite is a Windows-based software toolkit for 4D multimodal functional brain imaging

    Welcome to Source Signal Imaging, developers of EMSE Suite. EMSE Suite is a Windows-based software toolkit for 4D multimodal functional brain imaging, including analysis, source estimation, image processing, and visualization. MEG/EEG and MRI/fMRI datasets from many vendors and standard formats may be combined to obtain results not available from independent analyses of the separate modalities. First introduced in 1996, and now used by clinicians and researchers worldwide, EMSE Suite has a modular architecture, rich feature set and relatively low cost. Click on the menu to the left to find information about our products, news of upcoming events, links to other sites of interest, as well as access to original publications.

    EMSE 5.3 Release Candidate 3 is here
    6.22.09 We have added many new features and improvements

    U3D pdf adobe acrobat version 9; Conversion d’un fichier 3D à l’aide du paramètre U3D ou PRC

    Vous pouvez convertir des fichiers 3D et de CAO dont le format est pris en charge en fichiers PDF contenant une ou plusieurs pages. Les paramètres prédéfinis par défaut fonctionnent parfaitement pour la plupart des types de conversion. Cependant, vous pouvez les modifier ou sélectionner un paramètre prédéfini différent au cours de la conversion. (Pour afficher les paramètres de conversion 3D avant de convertir le fichier, ouvrez la boîte de dialogue Préférences. Sous Catégories, sélectionnez Conversion au format PDF, choisissez un format de fichier, puis cliquez sur Modifier les paramètres.)

    Les fichiers 3D sont convertis en flux de données PRC ou U3D, puis ils sont stockés dans le fichier PDF résultant. Le format du fichier 3D détermine les entités susceptibles d’être importées dans le fichier PDF.

    Si votre PC Windows est équipé d’un adaptateur vidéo intégré, mettez à niveau le pilote de cet adaptateur pour vous assurer que le contenu 3D est généré correctement. Pour obtenir la dernière version du pilote, consultez le site Web du fabricant de l’adaptateur vidéo ou de l’ordinateur.

    Pour plus d’informations sur la conversion des fichiers 3D, reportez-vous aux ressources suivantes :

    Conversion des fichiers 3D

    1. Sélectionnez les fichiers 3D CAO que vous souhaitez convertir :
      • Pour créer un document d’une page, choisissez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d’un fichier. Sélectionnez le fichier 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
      • Pour créer un document de plusieurs pages, choisissez Fichier > Créer un fichier PDF > Fusionner les fichiers en un seul fichier PDF. Cliquez sur le bouton Ajouter des fichiers afin de sélectionner les fichiers 3D voulus, puis choisissez Combiner les fichiers. Chaque fichier 3D s’affiche sur une page distincte.
    2. Dans la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D, sélectionnez les paramètres prédéfinis ou individuels que vous souhaitez utiliser, puis cliquez sur OK.
      Une autre solution consiste à faire glisser un fichier 3D depuis le bureau dans Acrobat Professional Extended (ou vers l’icône de l’application) afin de créer un fichier PDF d’une seule page. Vous pouvez également cliquer avec le bouton droit de la souris sur le fichier 3D et choisir l’option de conversion au format PDF dans le menu contextuel (valable pour un seul fichier). Pour plusieurs fichiers, choisissez Combiner les fichiers pris en charge dans Acrobat (s’applique au fichier sélectionné et à ceux que vous sélectionnez dans la boîte de dialogue qui s’affiche alors).

    Création d’un modèle PDF pour les fichiers 3D

    Pour harmoniser la structure et la disposition de vos documents PDF 3D, créez un fichier PDF modèle contenant une balise d’emplacement pour le modèle 3D. Vous pouvez créer un tel fichier modèle dans toute application Microsoft® Office dans laquelle PDFMaker est disponible. Une fois le fichier modèle créé, sélectionnez-le dans la boîte de dialogue de conversion d’Acrobat 3D à chaque conversion d’un fichier 3D au format PDF.

    1. Dans un document Office 2003, cliquez sur le bouton Insérer un modèle Acrobat 3D de la barre d’outils PDF. Dans un document Office 2007, cliquez sur Incorporer le contenu 3D sur le ruban Acrobat.
    2. Dans la boîte de dialogue qui s’affiche, cliquez sur OK sans sélectionner de modèle 3D.Cette opération permet de créer une balise d’emplacement pour la conversion 3D.
    3. Positionnez et redimensionnez cette balise d’emplacement en fonction des modèles 3D à insérer.
    4. Ajoutez toutes les informations qui vous semblent pertinentes, puis enregistrez le fichier.
    5. Cliquez sur le bouton Convertir au format Adobe PDF de la barre d’outils PDF (Office 2003) ou sélectionnez Créer un fichier PDF sur le ruban Acrobat (2007). Enregistrez ensuite le fichier au format PDF.

    Pour utiliser ce fichier modèle lors de la conversion, activez l’onglet Document de la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D. Si le nom du modèle n’apparaît dans la zone Modèle PDF, cliquez sur Parcourir pour le localiser et l’ouvrir.

    Conversion d’un fichier 3D à l’aide de paramètres PRC

    Utilisez les paramètres PRC pour créer un fichier PDF qui contient des données PMI (Product Manufacturing Information), des paramètres de polygone ou de polygonalisation, de géométrie ou représentations par frontières. Après avoir créé le fichier PDF, vous pouvez exporter la géométrie aux formats de fichier standard que peuvent lire la plupart des applications de CAO, FAO et IAO.

    1. Sélectionnez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d’un fichier, sélectionnez le fichier de CAO 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
    2. Dans la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D, cliquez sur l’onglet Importation.
    3. Pour importer les données PMI (Product Manufacturing Information) avec un modèle 3D, sélectionnez Vues et données PMI 3D. Vous pouvez importer les informations PMI des fichiers CATIA V5, I-DEAS, JT, NX (Unigraphics), Pro/ENGINEER et SolidWorks.Cette option est uniquement disponible pour les modèles contenant des données PMI.
    4. Pour remplacer les polices utilisées avec les informations PMI, cliquez sur Polices, sélectionnez Toujours substituer, spécifiez la police et cliquez sur OK.Si vous sélectionnez Toujours substituer, vous supprimez dans le fichier PDF toute référence à la police utilisée pour les informations PMI. Si vous laissez l’option Toujours substituer désactivée, Acrobat substitue toutes les polices manquantes. Si les polices d’origine deviennent disponibles, elles sont alors utilisées pour afficher les informations PMI.
    5. Cliquez sur l’onglet Optimisation, puis choisissez un paramètre PRC dans le menu Format :
      Représ. par frontières PRC (solide)
      Conserve uniquement les informations de géométrie du modèle 3D. Cette option permet d’obtenir des fichiers plus petits mais les polygones doivent être régénérés à chaque ouverture d’un fichier. Voir Exportation de la géométrie à partir de modèles 3D.
      Représ. par frontières PRC + polygonalisation
      Conserve les éléments géométriques de la géométrie 3D et tous les paramètres de polygones enregistrés. Si le modèle 3D n’inclut pas les paramètres de polygone, ils sont générés à partir de la géométrie lors de la conversion.
      Polygonalisation PRC (à facettes)
      Conserve les paramètres des polygones du modèle 3D ou génère de nouveaux polygones à partir de la géométrie.
    6. Sélectionnez un niveau de détail. Pour définir des mesures précises, sélectionnez Personnalisée (pour la visualisation) ou Précision contrôlée (pour l’impression STL), puis cliquez sur Options avancées.
    7. (Facultatif) Pour appliquer la compression, sélectionnez une option de compression PRC. Si vous prévoyez d’exporter la géométrie, laissez l’option Compresser le modèle de représentation par frontières désactivée ou définissez sa valeur sur 0,001 mm.
      Les fichiers compressés sont plus petits mais leur ouverture prend plus de temps que celle des fichiers PDF non compressés. Pour gagner du temps, utilisez la compression uniquement lorsqu’elle s’avère nécessaire (après une conversion PDF : cliquez sur le modèle 3D avec le bouton droit de la souris, puis choisissez Optimiser. Cette option est uniquement disponible dans les fichiers PDF convertis à l’aide des paramètres PRC.
    Remarque : Lorsque vous appliquez des mesures de protection à un fichier PDF 3D contenant des éléments géométriques, évitez de définir des paramètres qui limitent la modification et l’impression du document. Sinon, l’option d’exportation de la géométrie est désactivée.

    Conversion d’un fichier 3D à l’aide du paramètre U3D

    1. Sélectionnez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d’un fichier, sélectionnez le fichier de CAO 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
    2. Dans la boîte de dialogue de conversion, cliquez sur l’onglet Optimisation, puis choisissez un paramètre de conversion U3D dans le menu Format 3D dans le fichier PDF :
      U3D ECMA 3
      Garantit la compatibilité avec Acrobat 8.1 et versions ultérieures ainsi qu’avec Adobe Reader® 8.1 et versions ultérieures.
      U3D ECMA 1 (compatible avec Reader 7.0)
      Garantit la compatibilité avec Acrobat 7.0 et versions ultérieures ainsi qu’avec Reader 7.0 et versions ultérieures.
    3. Sélectionnez un niveau de détail. Pour définir des mesures précises, sélectionnez Personnalisée (pour la visualisation) ou Précision contrôlée (pour l’impression STL), puis cliquez sur Options avancées.
    4. (Facultatif) Pour la conversion U3D ECMA 3, sélectionnez Qualité de maillage, puis spécifiez un pourcentage.
    5. Définissez les autres options pertinentes, puis cliquez sur OK.

    A propos des formats de conversion PRC et U3D



    SPM (Statistical Parametric Mapping) refers to the construction and assessment of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is called SPM.

    The SPM software package has been designed for the analysis of brain imaging data sequences. The sequences can be a series of images from different cohorts, or time-series from the same subject. The current release is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.


    google sketchup7.1 export file



    Exporting and Importing
    Export 3D models: 3DS, DWG, DXF, FBX, OBJ, VRML, XSI

    3D: What’s New in Google SketchUp 7.1? (sept2009)

    What’s New in Google SketchUp 7

    Fast and reliable

    We’ve made SketchUp even more intuitive, added tools for power users, and made it easier to find and share models with the world.

    We’ve made SketchUp easier to use.
    With edges that automatically break other edges where they cross, objects that are smart enough to know how they should behave when you interact with them, and drawing hints that are clearer and more consistent, Google SketchUp 7 is the most intuitive SketchUp ever.

    It’s all about collaboration and sharing.
    In SketchUp 7, you can search for models in the Google 3D Warehouse right from the Component browser, take credit for what you contribute, keep track of your collaborators, and generally bask in the glow of knowing you’re part of the worldwide 3D community.

    PRO There’s even more in SketchUp Pro.
    LayOut is officially out of beta and ready to go. LayOut 2 is faster, more reliable and includes vector rendering, improved text handling and more. SketchUp Pro power users can also create Dynamic Components: models that animate, scale and replicate intelligently.

    Learn more about LayOut 2 and Dynamic Components in Google SketchUp Pro 7 »

    SketchUp 7: More intuitive and more powerful

    Break edges

    New! In 7.1: Improved support for large models
    We overhauled SketchUp’s rendering engine to make it easier to work with big models. With the right setup, operations like orbiting, zooming and drawing can be quicker and smoother in 7.1.

    Break edges

    Crossing lines break automatically
    When you draw a line that crosses another line on the same plane, both lines are split where they meet. Most folks think this is how SketchUp should have worked from the start. Well, now it does. Say goodbye to tracing over edges to make them split.

    Dynamic scale

    Scale without stretching
    New Dynamic Components are special: they’re programmed to know what they are. When you use the Scale tool on a dynamic staircase, it automatically adds or removes steps as you make it bigger or smaller. No more stretching, no more distortion.

    Custom Options

    Configure objects with Component Options
    Some Dynamic Components are hooked up to the new Component Options dialog box. Instead of breaking out the modeling tools to make a change, just choose options and watch the component reconfigure automatically. It’s modeling without the mess.

    Interact tool

    Introducing the Interact tool
    Clicking things is fun – especially with the new Interact tool. Some Dynamic Components can perform animations, rotate, move, resize, change color or move to a scene in your model when you click on them with Interact.

    Break edges

    New! In 7.1: Photo Textures
    Use Google Street View imagery to add real-world photo textures to your geo-located SketchUp models. Watch a video »

    Break edges

    New! In 7.1: Nearby models
    Use the Component Browser to search the 3D Warehouse for buildings located near the one you’re working on, then download the ones you want directly into your model. No more hunting around to find the context you need. Watch a video »

    Custom attributes

    PRO Build components that know what they are
    With Google SketchUp Pro 7, you can turn any component into a Dynamic Component. Endowing your models with behaviors like animation and smart scaling makes them easier for you and everyone else to use. If you can use a spreadsheet, you can build Dynamic Components.

    Custom Attributes

    PRO Custom attributes
    Need to keep track of metadata like Part Number, Weight or Cost in your models? With SketchUp Pro 7, you can tag your models with luscious meaning and information to make them more useful and easier to carry forward in your workflow.Learn more about using Dynamic Components in Google SketchUp 7 »

    SketchUp 7: Sharing and Collaboration

    3D Warehouse search

    Search the 3D Warehouse
    We’ve added Google 3D Warehouse Search to the Component Browser, which gives you access to jillions of models (give or take a zillion) right inside SketchUp. You can also save particular searches as Favorites, making it easier to find stuff quickly later on.

    Download locally

    Download models locally
    You can save anything you find on the 3D Warehouse to your local drive, making it easy to work even if you happen to be offline. Better yet, you can download models to local collections up to a dozen at a time.

    Break edges

    New! In 7.1: Direct Component upload
    Upload individual components to the 3D Warehouse without first having to save them out to separate files. Split up large city models into buildings, preserve Dynamic Component functionality and more. Watch a video »


    Take (and give) credit
    Tag your models with your nickname so that people will know who built them no matter where they end up. And since Credits automatically keeps track of the stuff you use to build your own models, it’s easier than ever to give credit to your collaborators.


    Custom Templates
    You can include all of your organization’s proprietary Styles, Watermarks and components in a custom Template so that every member of your team has everything they need, right from the start. In SketchUp 7, saving custom templates is a breeze.

    Break edges

    New! In 7.1: Import and Export COLLADA files
    COLLADA is a 3D file format based on open standards. The data you create is yours; it shouldn’t be locked inside a proprietary file type. COLLADA makes it easier to move your models between different pieces of software.

    Break edges

    New! In 7.1: Import and Export KMZ files
    Google Earth KMZ is the standard file format for packaging 3D models together with information about their geographic locations. The newest version of SketchUp gives you access to a world of geo-located 3D models.

    Generate Report

    PRO Generate reports
    Use the metadata embedded in your components to create tabular reports. In SketchUp Pro 7, you can export detailed lists of every named entity and their corresponding attributes in either HTML or CSV format, for use in your favorite spreadsheet application.


    And that’s not all!
    We improved the inferences to make them more visible and easier to use. There’s a new area of the Status bar that tells you more about your model. The VCB is now called Measurements, and you can change its location on your screen. You can make textures unique, and choose to edit them in the photo-editor of your choice. You can apply anti-aliasing to textures to make them look better from a distance. See the complete list of changes in SketchUp 7 »

    PRO LayOut 2: Create professional presentation documents, fast

    Break edges

    New! In 7.1: Dimensions
    Apply dimensions to scaled SketchUp models and vector graphics to create design documents and simple construction drawings with LayOut 2. Watch a video »

    Break edges

    New! In 7.1: Snap to SketchUp model
    Elements like lines, labels and dimensions automatically snap to points in the SketchUp models you insert in LayOut 2. It’s a little bit like magic.

    Vector rendering

    Work bigger with Vector Rendering
    LayOut 2 makes it easier to work with complex models and larger paper sizes. Switch to Vector Rendering when you want clean, resolution-independent drawings. If you want to tweak the line weights a bit, you can « explode » your model to vector edges and tweak it line by line.


    Long live Measurements
    You know the little text box in the lower-right corner of the SketchUp modeling window? The one you use to enter dimensions, angles and other stuff? Now you can key in numbers in LayOut just like you do in SketchUp. Be accurate to your heart’s content.


    Curves are fun again
    Its boring name notwithstanding, LayOut 2’s new-and-improved Line tool has superpowers. It’s simple and intuitive, and it incorporates everything you already love about SketchUp’s inference system. Try it and you’ll see — it’s like taking off your mittens to tie your shoes.

    Break edges

    New! In 7.1: Improved Freehand tool
    Draw curves with LayOut 2’s Freehand tool and watch them turn into smooth, perfect vector lines that you can edit. It’s a more natural way to draw.

    Editable Paths

    Editable paths
    Double click any shape in LayOut 2 to edit its control points. Drag any point onto an adjacent one to make the first one disappear. Hold down Ctrl (Option on a Mac) to add a point or make a smooth curve pointy. Reshape any curve fluidly by dragging its handles. Delicious, no?


    Move, rotate and scale
    We’ve completely redesigned LayOut’s geometric manipulators to be easier to use and to stay out of your way. You can move, scale and rotate anything on your page without changing tools, and the new « heads-up » display helps with accuracy as you work.

    Image export

    Export to images
    Need JPEGs or PNGs of your pages? LayOut 2 includes direct export to these formats, which saves you from having to use another tool to rasterize your PDFs. We suggest using your extra time to do something for yourself. Maybe buy a hammock.

    Group edit

    In-place Group edit
    Use the Select tool to double click a group to edit its contents. You can move, scale, rotate and copy/paste inside the group, then click outside to go back to the rest of your file. No more ungrouping and regrouping just to make a change.

    Break edges

    New! In 7.1: Lists
    LayOut 2 makes it easy to include lists – bulleted or numbered – in your text.

    Improved text

    Improved Text
    For LayOut 2, we’ve fixed problems and added some new functionality for text. You can now create both bounded (confined to a box) and unbounded text, depending on your need. Text can be aligned to top, bottom, left, right or center within its bounding box, both vertically and horizontally.

    Break edges

    New! In 7.1: Improved Grids
    Being able to see your grid as dots instead of lines, behind or in front of your drawing, makes it easier to see what you’re doing. Hooray for clarity!

    Break edges

    New! In 7.1: Improved Copy/Paste
    We’ve made it easier to move elements like graphics and text between LayOut 2 and the other programs in your design toolbox.


    Right-click on any placed SketchUp model and choose Explode. Depending on how it was rendered, you’ll get vector lines, raster images, or a combination of both. It’s the easiest way to get vector geometry to edit directly, hands-down.


    And that’s not all!
    We made improvements to almost every corner of LayOut in its first non-Beta release: rectangle pick targets, styles handling, text editing, layer visibility, toolbars, presentation mode, overall stability, view performance, memory management — you name it, we made it better.Learn more about LayOut 2 »

    PRO Style Builder: Make your own sketchy-edge Styles for SketchUp


    Turn models into sketches
    Showing a hand-drawn sketch does two things: It abstracts detail so you and your client can talk about what’s important, and it communicates that your concept is open for discussion. With Style Builder, you can create personalized sketchy Styles that tell the story of your design.


    Brand your models
    The Styles you create with Style Builder are completely unique. When you apply them to your models, you’ll have computer models that look like you made them. After thirty years of CAD, isn’t it about time everybody’s drawings stopped looking the same?


    Use any medium at all
    Your Styles can be based on any mark you make, in any medium. Marker, pencil, crayon, burnt stick, technical pen, ballpoint, gouache, smudgy finger, pen and ink, highlighter… You get the picture – anything.

    Learn more about Style Builder »

    Think you might need the power of Google SketchUp Pro? Compare


    Blog Stats

    • 223 070 hits


    Flickr Photos

    juin 2020
    L M M J V S D