About

A presentation with my « french poetry »:

Bienvenue sur mon blog-note

qui traite des divers aspects d’une nouvelle science émergente:

LA BIOPHOTONIQUE

Prenez deux atomes d’Hydrogène (la Photonique et « la » Mathematique’s’), ajoutez un atome d’Oxygène avec ses deux doublets (« la » Science du Vivant et la Chimie), et vous obtenez un machin nouveau bizarre si différent du monde des atomes, aux propriétés émergentes : une molécule d’eau (la Biophotonique).

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Ce blog traite aussi des aspects info notamment sur la plateforme mac-unix (et aussi windows ;P) en particulier le transcodage des fichiers et l’interopérabilité. La Biophotonique étant une science intégrative, le problème de faire dialoguer des cultures différentes, des programmes informatiques, des logiques différentes, etc…,  se pose sans cesse.

L’interopérabilité est une source de problème. Cela dépasse le transcodage de fichier. Le pb du langage, de la compréhension des désirs de l’autre repose sur la volonté de faire communiquer diverses castes de  biologistes, de pharmaciens, de médecins avec les acteurs du monde de l’optique, des traiteurs d’image et des computer sciences…

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A presentation in my « fr-english »:

This blog is focused on the multimodality and interoprability of the following process:

1/produce your images (exactly a stack of 2D images) and many 1D data (sounds, electrophysiology, sensors signal…)

2/perform many image (img) cleaning (cleaning as a generic term, here) with or without informations from the other img in the stack (often it is only a repeat process for each image with imageJ)

3/the final step is segmentation & binarisation also with or without informations from the other img in the stack

4/generation of  surfaces ( 3 classes: a/isosurfaces for rendering; b/ 3D surface meshes; c/others)

5/generation of true  3D volumetric tetrahedral grids suitable for advanced 3D finite-element simulations

6/a 4D solver (with time and 3D)

7/ a)statistics (usually comparison between means and ANOVA)

b)comparison between biology, medical and multiphysics data and 4D simulations