Logiciels scientifiques
http://www.tropheesdulibre.org/-Logiciels-scientifiques-.html?lang=fr
Bioclipse
Bioclipse is a rich-client for chemo- and bioinformatics, providing means to integrate various open source tools available in those fields. The approaches of integration are based on the Eclipse Rich-Client-Platform include the use of common Views and Editors to process data, and the use of the extension point architecture for integration of third party libraries.
CompLearn
The CompLearn toolkit represents the results of years of scientific research carried out internationally by many scientists. It uses universal machine learning statistics to arrive at amazing pattern recognition results in genomics, linguistics, astronomy, and other fields.
EEGLAB
EEGLAB est un logiciel libre pour traiter les données électro-encéphalographiques (ondes cérébrales) basées sur le langage de programmation interprété Matlab ou Octave. EEGLAB fournit une interface graphique (GUI) permettant aux utilisateurs de traiter avec souplesse et de façon interactive leurs données électro-encéphalographiques de haute densité (jusqu’à plusieurs centaines d’électrodes) ou toute autre série temporelle d’origine électrophysiologique. EEGLAB utilise toutes les méthodes standards connues d’analyse des signaux électro-encéphalographiques, avec en plus l’analyse composante indépendante, l’analyse de temps/fréquence, et une variété de méthodes développées par les utilisateurs eux mêmes en tant que boite à outil du logiciel (22 boites à outil jusqu’à présent).
Getfem++
Giac/Xcas
Calcul formel, geometrie 2-d et 3-d, tableur formel
Le premier objectif de Giac/Xcas est de creer un systeme de calcul formel a la fois efficace et relativement compatible avec les systemes commerciaux utilises dans l’enseignement des mathematiques (Maple, TI89/92/Voyage 200) afin de faciliter la transition vers le libre.
gretl
C’est un logiciel pur l’analyse statistique, surtout l’économétrie (prévision, tests des hypothèses)
K3DSurf
K3Dsurf est un logiciel qui permet la visualisation et la manipulation de modèles mathématiques dans l’espace de trois, quatre, cinq et six dimensions. K3DSurf supporte les équations paramétriques et les Isosurfaces.
MeshLab
MeshLab is a general-purpose mesh processing software program aimed to help the processing of the typical not-so-small unstructured models that arise in the pipeline of processing of the data coming from 3D scanning of cultural heritage artifacts. MeshLab offers tools for the automatic cleaning, inspection, rendering and analysis of this particular kind of large meshes.
QtOctave
QtOctave est une interface graphique pour Octave. Octave est un langage de manipulation de haut niveau pour les calculs mathématiques, comme Matlab.
RKWard
RKWard est une interface graphique pour le langage R utilisé en analyse statistique. Il est utilisé pour rendre les fonctionnalités de statistiques plus accessibles aux utilisateurs. Il comprend également quelques fonctions intéressantes pour les usagers expérimentés du langage R, comme la coloration syntaxique, l’autocompletion de code et d’autres fonctions d’IDE (ndt : Environnement de Développement Intégré)
SAGE
SAGE is mathematical software, very much in the same vein as Matlab, MAGMA, Maple, and Mathematica. Unlike these systems, every component of SAGE is GPL-compatible. The interpretaive language of SAGE is Python, a mainstream programming language.
Use SAGE for studying a huge range of mathematics, including algebra, calculus, elementary to very advanced number theory, cryptography, numerical computation, commutative algebra, group theory, combinatorics, graph theory, and exact linear algebra.
Simulation Open Framework Architecture (SOFA)
SOFA est une plateforme orientée principalement vers les simulations interactives, en privilégiant les simulations médicales. Elle est orientée vers le monde de la recherche pour aider au développement de nouveaux algorithmes, mais peut aussi être utilisée comme un outil de prototypage rapide.
The Gerris Flow Solver
Gerris est un logiciel pour la simulation numerique des ecoulements fluides incompressibles : monophasiques, multiphasiques avec tension de surface, geometries complexes etc… Sa caracteristique principale est la generation automatique de maillages dynamiques adaptes a la solution recherchee.
xd3d
xd3d est un outil de visualisation scientifique, écrit par un utilisateur, pour les utilisateurs. Il se veut donc simple d’emploi. xd3d sait tracer des maillages 2d et 3d, avec ombrages, isovaleurs, champs vectoriels, isosurfaces 3d. Il peut aussi, sans maillage, tracer des surfaces 3d sous la forme z=f(x,y) definies par une expression algébrique ou un nuage de points. Il est capable de générer des fichiers postscript vectoriels de haute qualité pour les publications scientifiques, ainsi que des images bitmap fixes ou des animations. Le traceur de courbes 2d xgraphic est inclus dans la distribution de xd3d.
biomedical optics 
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